梯棱羊肚菌全基因组SNP/Indel分析及基于Indel标记的遗传连锁图谱构建

刘伟,张倩倩,舒芳,蔡英丽,马晓龙,边银丙

Genome-wide SNP/Indel analysis and the construction of genetic linkage maps based on Indel markers of Morchella importuna

Wei LIU,Qian-Qian ZHANG,Fang SHU,Ying-Li CAI,Xiao-Long MA,Yin-Bing BIAN

表1 梯棱羊肚菌全基因组范围SNP/Indel特征信息

Table 1 Genome-wide SNP/Indel characteristics of Morchella importuna

条目 Type 数量 Count 占比 Percent (%) 有效基因组长度 Genome effective length (bp) 51 065 045 变异位点总数 Number of variants (n) 18 438 单核苷酸多态性SNPs (n) 17 104 SNP频率SNP frequency (SNPs/Mbp) 361 插入缺失多态性Indel (n) 1 334 基因上游区域Upstream (n) 2 572 13.95 基因下游区域Downstream (n) 2 585 14.02 基因间隔区Intergenic (n) 13 533 73.40 外显子Exon (n) 3 042 16.50 内含子Intron (n) 1 686 9.14 移码突变Frameshift_variant (n) 1 088 5.90 错义突变Missense_variant (n) 916 4.97 同义突变Synonymous_variant (n) 940 5.10