应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对来自云南西北部高黎贡山和丽江玉龙雪山的6个冬虫夏草 Cordyceps sinensis (Berk.) Sacc.,来自德钦地区三个地方的8个阔孢虫草C. crassispora Zang,Yang et Li以及来自云南昆明的一个蛹虫草 C. militaris (Vuill) Fr.进行分析。18个随机引物获得的RAPD谱带清晰并呈现多态。遗传距离分析表明,冬虫夏草/阔孢虫草与蛹虫草之间存在显著的遗传差异。冬虫夏草与阔孢虫草之间的遗传差异较为明显。在同种虫草个体中,来自同一地方的样本间遗传差异较小,不同地方的样本间遗传差异较大。说明云南虫草的不同地理群体间存在遗传分化。应用UPGMA和NJ法构建的分子系统树将来自不同地方的冬虫夏革及阔孢虫草分别聚在一起,提示RAPD标记在虫草群体中有显著的地区特异性。RAPD作为有效的遗传标记,可在分子水平上研究虫草属的遗传分化、起源和系统演化等。