《菌物学报》被下列检索刊物和数据库收录：

国外收录：

Scopus

CA（美国“化学文摘”）；

CABI（英国“国际应用生物科学中心”）；

Abstracts of Mycology（美国“菌物学文摘”）；

Index of Fungi（英国“菌物索引”）；

Review of Plant Pathology（英国“植物病理学文摘”）；

Bibliography of Systematic Mycology（英国“系统菌物学文献目录”）；

Bibliographie der Pflanzenschutzliteratur（德国“植物保护文献目录”） ；

Ulrich’s International Periodicals Directory (Ulrich IPD)（美国“乌利希国际期刊指南”）

Cambridge Scientific Abstracts (CSA)（美国“剑桥科学文摘”）

国内收录：

北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》；

中国科技期刊引证报告（核心版）（CSTPCD）；

中科院文献情报中心《中国科学引文数据库》（CSCD）；

CNKI（中国学术期刊影响因子年报-自然科学与工程技术）。