灵芝Ganodorma lingzhi的优良品种灵芝13具有农艺性状较好、子实体产量较高、孢子粉产量较高的优良性状。本研究首先以其单核菌株灵芝13-5为材料，通过三代HiFi测序及Hi-C测序组装成完整的基因组；然后选取5个重复的双核菌株通过Illumina高通量测序后，以灵芝13-5基因组作为参考进行SNP calling，建立了基于灵芝13全基因组的分子标记。基因组包含13条染色体，共45.73 Mb。5个重复菌株SNP calling去重合并后，获得319 074个共有的异核等位差异位点，作为用于灵芝13菌株鉴别的分子标记库。从实验室菌种库中随机抽取7个灵芝菌株，与灵芝13菌株共有的等位差异位点占比介于22.20%-45.18%之间，远低于阈值，说明这些菌株与灵芝13差异较大，不是相同菌株。本研究建立了基于灵芝13全基因组及其异核等位差异位点的分子标记，能够准确区分灵芝13这一优良品种。

本研究以收集的20份灵芝Ganoderma lingzhi为研究材料，经分离、拮抗反应及母种性能测定试验后，共获得6个灵芝菌株。基于拮抗反应初筛、设施内小中试复筛及品比试验，最终获得性状稳定、产量高且品质优良的灵芝品种‘FY-3’。其菌丝体呈白色、浓密絮状，子实体菌盖形成的时间早，菌盖半圆形，直径达12 cm，盖肉厚达1.5-2.0 cm，盖表黄褐色，菌盖下表面呈灰白色，整体颜色一致，菌盖上表面平滑，边缘微钝。菌肉分层明显，呈褐色。研究结果表明，灵芝品种‘FY-3’是性状优良且适合我国东北地区人工栽培的优异药食真菌品种。